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水产养殖学是集美办史最久的学科之一，1972年上海水产学院南迁厦门时就设置了与水产养殖学相关的淡水养殖学专业，紧接着设置了海水养殖学，1998年淡水养殖学与海水养殖学合并为水产养殖学。2004年水产养殖学被福建省确定为省级重点学科。
该学科现有专任教师67人，其中教授、研究员14人，副教授26人，博士37人，硕士14人。在职攻读博士的教师10人，留学归国人员20多人。享受国务院特殊津贴4人，全国师德之星1人，全国先进教育工作者1人，农业部有突出贡献中青年2人，入选级百千万人才工程1人，入选省级百千万人才工程6人，入选福建省高等教育学校新世纪优秀人才支持计划4人、福建省青年“五四”奖章1人，厦门市拔尖人才1人，厦门市“五一”劳动奖章1人。
该学科教学、科研条件良好，拥有福建省水产病害技术研发中心、厦门市饲料检测与安全评价重点实验室，现有仪器1700多台件，价值2100万元。实验室面积3000多m。2007年学校投入750万元更新改造建设该学科的实验基地，实验基地的循环水等设备达国内同类实验基地的先进水平。此外与15个校外水产苗种繁育与饲料生产企业建立了产学研合作关系。
2002年以来承担项目128项：863项目（含合作）12项、自然科学基金项目（含合作）19项、公益性行业（农业）科研专项1项，海洋局项目1项、福建省自然科学基金项目9项、福建省科技重大专项6项、福建省科技项目21项、福建省青年创新基金项目8项、市、厅级科研课题27项、其他科研课题27项。经费3800多万元。
近3年科研成果40多项。其中省、市科技进步奖16项、国际先进成果3项、国内领先成果10项、验收结题成果31项、申请和取得专利12项。在国内外多种学术发表学术论文290多篇，其中被SCI、ISTP、EI收录40多篇。出版专著和教材10部。
该学科重视国内外的学术交流与合作，已与美国、、英国、法国、新加坡等十多个和、地区的同行学者进行了学术交流 西南荣昌校区水产系创建于1985年，以本科教育和研究生教育为中心，构建了产、学、研紧密结合的办学机制，不断提升办学质量，得到了水产界和社会的普遍认可。水产系“淡水鱼类养殖学”为省级示范重点课程，设有渔业技术综合建制实验室，建有先进的校内现代科研教学基地、名优水产动物研究所、水产科技服务部等附属机构。现有教职工33人，教授、副教授等高级职称21人，聘请校外知名教授4人，有博士11人，硕士14人。水产系设有水产养殖学、水族科学与技术两个本科专业并开展硕士研究生教育，在校本科生和研究生600余人。
水产系以水产养殖为特色，以水族科学与技术为增长点。水产系与国内外20多家水产界著名大型企业和科研单位建立了联合培养（水产高级实训班）、订单培养（企业直通人才）、定点实习、科学研究等合作关系。重庆水产学会观赏鱼分会挂靠我系，中国水产学会在我系首建“中国水产学会西南会员工作站”，会员已愈千人，活动丰富多彩,成为全国水产院校的楷模。
水产系以培养现代水产养殖、水族业高端管理与科技人才为主要目标，突出实践型、创业型、研究型人才的培养，以创新实践为鲜明特色。水产系就业渠道广，就业单位遍及科研院所和国内外知名大中型企业及机关等，用人单位争招生现象持续火爆，生一次性就业率均在98%以上。
为了满足个性发展需要，增强对社会的适应能力，水产系创新人才培养模式，开设了水产养殖学专业“高级实训班”，同时设置分专业方向教学模块。在3年内完成校内课程教育及论文，最后1年根据选择的专业方向接受不同的定制培养，“高级实训班”将在我系与国内外知名大中型企业建立的联合培养实训基地完成实践教学环节，加速成为企业所需要的专业人才。
西南荣昌校区水产系以水产养殖学科为特色，尤其是在水产动物繁育及病害等方有学科优势。水产系水产养殖学科确定为四个学科方向：即水产动物增养殖、水产动物病害，水产动物营养代谢与饲料，渔业与水环境。
水产动物增养殖：将在长江上游名优经济鱼类的驯养及人工繁育、名优水产动物种质创新、原生观赏鱼开发等方面形成主攻方向，并向长江上游经济鱼类和观赏鱼类的细胞工程育种和转基因育种等方面拓展。
水产动物病害：将进行水产动物主要病害方法及等方面的系统研究，保持以鱼类疾病为特色的研究工作优势。
水产动物营养代谢与饲料：将对水产动物代谢及营养需要、名优鱼类饲料和剂等进行研究及开发。
渔业与水环境：将对长江上游渔业调查、渔业生态系统与可持续利用、水体污染的生物学评价和治理等开展深入研究 自20世纪八十年代以来，四川农业多位教师开始从事鱼类分类学、鱼类饲养与生殖生理调控、水生动物的疾病和水生动物营养与饲料等方面的教学和科学研究工作。鉴于我校在水产领域具有较强的科学研究基础和人才培养条件，1999年被批准成立水产养殖专业并于同年成立水产养殖实验室，2003年获得水产养殖硕士授予权，2007年学科点被纳入“211”工程三期建设，2008年10月被批准为四川省重点（培育）学科。
随着学科发展，专业实验课程逐渐增加，原水产养殖实验室逐渐向课程实验室分解，先后成立了鱼类生物学、水生生物学、水生动物营养与代谢、水产动物病害诊断与、鱼类遗传与繁育、渔业环境与生态等6个课程实验室。课程实验室的成立有力地促进了课程教学的改革，提高了课程教学质量。2003年学校改革实验教学管理，将水产类各课程实验室和实习渔场进行整合，成立水产类实验教学中心。中心实行校、院两级管理模式，统一组织实验教学，和实施实验教学改革。
通过学校及“211工程”对中心建设的投入，中心的实验教学条件不断改善，积极满足本科生扩招后的实验教学需要。实验中心现有使用面积5200m2，仪器设备370余台件，总价值662余万元。
中心形成了年龄、知识结构合理的教学梯队。现有教师和实验技术人员26人，其中教授8人，副教授9人，讲师和实验师8人，助教1人，教师中具有硕士及以上教师22人，平均年龄约为41岁。 经过几年的持续建设，水产类实验教学中心在教学队伍、教学条件、教学模式、课程体系、教学内容、教学效果和管理体制等方面已逐步成熟，已经具备较强的实验教学平台体系，成为我校水产类专业人才培养的重要实验教学基地。