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截止2015年6月，我国天然气分布式能源发展还存在不少问题，其中包括技术、经济、市场及运营管理等方面的障碍，比如用户认知度问题、设备国产化问题、并网问题、部分地区气源问题等，但核心仍是价格问题，具体可归纳为几个方面。 政策不具体，致使落实不到位。目前，层面及地方均陆续了鼓励天然气分布式能源发展的支持政策，提出了发展目标及措施，但因没有具体的实施细则或相关利益关系没有捋顺，牵扯到如税收优惠政策、天然气价格折让、上网电价、电力直供等问题而无法落到实处。由于政策没有强制执行标准，分布式能源战略风险、市场风险很高。
分布式能源项目的发电输送电模式与现行的《电力法》有相违背之处。目前已投或在建项目，面临的最大阻碍仍是电力“并网”问题。目前已经建成运营的天然气分布式能源项目所发电量多是自发自用，不由电网公司统一调度，且电价一般是由项目公司与用户之间协商。
再者，天然气分布式能源系统所需要的技术含量非常广泛，最核心的是发电设备。分布式能源站目前的技术设备主要包括燃气机、余热锅炉、压缩式制冷、吸收式制冷、蓄冷蓄热设备以及控制系统和设备。所有这些硬件设备当中，目前国内在技术上还跟国外有较大差距，缺乏具有自主知识产权的先进技术。 天然气分布式能源企业自身运营存在的制约因素主要体现在投资成本大、回收期限长、设备运行以及成本过高等方面。
《中国分布式能源行业市场前瞻与投资战略规划分析报告》显示，固定投资成本方面，我国目前还难以实现分布式能源成套设备自主生产，关键设备和控制系统尚需进口。尽管进口设备的价格在逐年下降,但仍维持在较高水平。较高的设备成本是阻碍分布式能源广泛推广的一个重要原因。同时，由于本地化的工程师与高级技工比较稀缺, 天然气分布式能源项目安装成本的变化范围也很大，特别是对一些不太成熟的技术，安装成本可占其设备成本的30%。
运行与维护成本方面。因为分布式能源是新技术,有管理和维护经验的当地工程师及高级技工较少，运行维护设备的人工成本不可小视，同时由于主机是进口设备,定期检查、替换、维修系统部件及易耗品价格也不菲。当然,运行与维护成本只占整个电力成本很低的比例，如微型燃气机一年通常只做1～2次保养，平均维护成本为0.5～1.6美分每千瓦时。根据调研，国内一个示范性项目每年的运行与维护成本达到2200万元。