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北京协和医学院相对好。下面从多方面进行二者的对比：

一、师资力量

1、北京协和医学院：学校有两院院士24人，其中中国科学院院士7人，中国工程院院士17人；国务院委员会委员1人、学科评议组成员9人；博士生导师370余人，硕士生导师630余人；教育部“长江学者奖励计划”特聘教授、讲座教授14人，享受国务院特殊津贴630余人；高级专业技术职务人员1600多人。

2、北大医学部：具有高级职称2394人，两院（中国科学院、中国工程院）院士12人，“973”计划和重大科学研究计划项目首席科学家19人，博士生导师457人，入选人力社会保障部“新世纪百千万人才工程”级人选9人，入选教育部“新世纪人才支持计划”70人，杰出青年基金获得者37人。

二、院系专业

1、北京协和医学院：据2020年9月学校官网显示，学校设有7个学院，共有2个本科专业。

2、北大医学部：设有6个学院（部），10个本科专业，1个专科专业。

三、科研成果

1、北京协和医学院：累计获各类科技奖励成果209项，其中科技进步一等奖1项、科技进步二等奖20项、自然科学二等奖3项；累计获准专利168项，获新81项（其中一类新9项）；发表SCI论文1888篇。

2、北大医学部：北京市科学技术奖21项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖23项）以及社会力量设奖103项。2013-2017年度，共申请专利1317项，获得授权1222项，其中国内专利1202项，国际专利20项。

扩展

北京协和医学院学校坚持“一切为了的可持续发展，人无我有，人有我优，人优我精，把学校建设成为环境优美、设施先进、管理规范、质量一流、校风朴实、教风务实、学风扎实的示范性精品学校”的办学思想，充分发挥学校优质教育的优势，学校尽力打造的宏志班已经成为享誉大地的办学品牌。

北京协和医学院以“科学立校、文化活校、科研兴校”为办学思想。秉承一中“务实、严谨、超越”的优良校风，全体教职工发扬“爱岗敬业、爱生奉献、自我超越”的优良教风，踏实工作，锐意进取。学校治教严谨，敢为人先，全面深化教育改革，全面实施素质教育，全面提高教育质量，取得了显著的工作成就，赢得了良好的社会声誉。

参考来源：百度百科——北大医学部

参考来源：百度百科——北京协和医学院

这三个学校里面，清华医学院是最差的。北京医学部和北京协和医学院都很强，看具体专业。基础医学，两所学校得分相同。临床医学，北京协和医学院更好。口腔医学，北京医学部更好。预防医学，北京医学部更好。学，北京协和医学院更好。

以医科代表专业临床医学为例，
两校并列第一。
但整体实力，
是北大医学部相对好些。
国内高校最好的专业是级特色专业。
北京协和医学院只有2个级特色专业：
临床医学
护理学。
北大医学部有4个级特色专业：
临床医学
口腔医学
预防医学
学。

北京协和医学院的临床是国内最好的，北京医学部的公共卫生与预防医学要比协和好一些

临床和护理的话，协和强，当然协和也只有这两个专业，哈哈。
协和和北医临床都只有八年制，协和的八年制近百年历史，北医只有十年多一点，所以这方面底蕴还是深厚的多。
当然，协和的分数也要高不少，性价比来说还是北医好一些吧。